有机肥堆肥发酵系统的分类，因依据要素不同，其分类结果也就丰富多样。有人将堆肥系统按堆肥的运动与否分成静态堆肥系统和动态堆肥系统，有人根据堆肥过程中采用的机械设备的复杂程度，分为简易堆肥和机械堆肥。应用反应器的系统通常被叫做“机械的”、“封闭的”或“容器的”系统，而不用反应器的系统被称为“开放的”系统。堆肥系统也可依据反应器类型、物料流动特点、翻搅类型以及氧气供应方式等来分类。

   目前看，堆肥系统仅按某一种分类方式进行划分难以全面地先容清楚实际所采用的不同堆肥工艺，因此，常采用多种方式同时并用的情况进行描述。表3-1基本概括了大部分历史上和目前沿用的堆肥系统。