第一，价格调整周期较长。传统肥料市场对于价格均有不同程度的反应，其中尿素价格尤为灵敏，但有机肥价格基本与市场供需、淡旺季以及原料方面均无一定的相关性，价格调整周期相对于传统肥料来说比较长，基本上价格一年或者两年调整一次。造成这一状况的原因有以下几点：首先是政府对于有机肥行业的支撑，令企业可以在淡旺季“旱涝保收”。其次，有机肥虽被称为肥料，但其主要的功能为改良土壤，提升土壤中有机质的养分含量。从这点上看，有机肥生产线市场全年并不存在明显的淡旺季。最后，有机肥作为新兴肥种，市场仍处在缓慢接受之中，若价格调整过快，基层市场接受程度必然会降低。另外，受到农家肥的冲击和企业自身周转的制约，价格可调整空间有限。
第二，区域价格相对统一化和差异化。传统肥料针对不同地区会有不同的价格，如二铵，市场上基本是以东北、西北等地到站价为主要参考，倒推回出厂价格并不统一，地销略高。但有机肥价格无论是地销还是外发价格均相对统一化，其一是主销当地，外发市场品牌性较低，实际成交数量较小，价格持稳。其二有机肥市场透明度较低，行业尚未完全进入标准化。价格存在统一化的同时，也存在着差异化，主要体现在同一产品在不同区域或相同区域价格截然不同，以GB525-2012的有机肥为例，国内高端价格可达1500元/吨以上，低端价格可低至300元/吨以上，造成此种现象的因素主要有以下几点：首先是原材料价格不同，虽说均为回收资源，但部分工业下脚料价格仍旧相对较高。其次，行业间整体制度仍未得到规范，部分企业为宣传卖点，常常会以企业标准生产有机肥，长久发展之下，国内有机肥的添加物和功效均变成“八仙过海、各显神通”。
   有机肥作为一个新兴肥种，一方面是可以减少当前社会的污染，另一方面是为了改良国内土壤的有机质，两者的功能均不可或缺，但从价格方面就可看出，现在的有机肥行业制度仍显得较为混乱。为此，有不少业内人士呼吁：政府在一定的程度上，最好能够持续加强行业的监管力度。
   总之，有机肥当前的现状，就好比是一只困在窗子里的苍蝇，看似前途光明，但却寸步难行。