有机肥发酵过程的管理在发酵过程中，对温度的控制非常重要。温度过低，达不到腐熟的标准；温度过高，堆肥的养分容易损失。堆肥内的温度是从外表向内30厘米以里为准。因此，测量温度用的温度计，它的金属杆要长于30厘米，在测量时，要插入堆肥内30厘米以上，才能正确的反映堆肥的发酵温度。

   发酵温度和时间的要求：堆肥结束后，鸡粪就进入第一次发酵阶段。它会自动升温到55℃以上，维持5到7天，这时就能杀死大部分寄生虫卵和有害菌，达到无害化处理标准。过3天左右翻一次堆，这有利于透气、散热、腐熟均匀。发酵7-10天后，温度自然降到50℃以下，由于在第一次发酵过程中有些菌种会因高温失去活性，需要第二次发酵时。再次加入5-8千克的菌种混合物，搅拌均匀。这时次将水分控制在50%左右。如抓一把鸡粪在手里，握紧成团，手心潮湿，指缝间无水渗出，说明水分合适。第二次发酵的温度要控制在50℃以下，经过10-20天，堆肥内温度就下降到40℃以下了，这就达到了腐熟标准。